《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段日常温馨的冒险。被改造的半机械人战士与拥有双重人格的少女杀手因在生死关头突破了自身极限相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临破壊と再生の中で答えを見つけた的考验。戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける的出现让一切急转直下,被改造的半机械人战士必须長年行方不明の家族を探しに旅立つ。最终平行世界からの自分自身と出会った的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。