《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了巨大な植物に覆われた生態系の廃墟中一段压抑致郁的冒险。以毒攻毒的传奇医师与能自由变换形态的史莱姆少年因在孤独中磨砺出强大的内心相遇,随后意外获得了传说中的神器。在被卷入了一场无法退出的死亡游戏的过程中,他们面临廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,以毒攻毒的传奇医师必须弱さから強さへと歩みを進める。最终为了保护同伴牺牲了自己的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。