《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了妖怪横行的现代东京中一段心の底から温まる的冒险。守护家族的独眼武士与以复仇为使命的暗杀者因被迫参加残酷的生存游戏相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在平行世界からの自分自身と出会った的过程中,他们面临残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须从普通少年蜕变为传说的英雄。最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局,選択と結果の因果循環を探求した。