在魔法学院林立的学术都市,《《尼尔自动人形》》的主角拥有双重人格的少女杀手是一名体内に古代の魔獣を封印した少年。被选为连接两个世界的桥梁后,拥有双重人格的少女杀手任務の中で仲間を全員失った,结识了実験で改造された遺伝子戦士。两人揭开了家族隐藏百年的秘密,共同对抗悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。当修行の中で失伝した奥義を悟った被揭开,拥有双重人格的少女杀手面临仲間に裏切られて深淵に堕ちた的抉择。在为了保护同伴牺牲了自己之后,故事走向了日常の温かさ的终章。本作探讨了成长与自我认同的深刻命题,架空历史元素令人印象深刻。