《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段黑暗沉重的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与他人に触れることが永遠にできない呪われた少年因被同伴背叛坠入了深渊相遇,随后百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。在从黑暗中找到了属于自己的光明的过程中,他们面临大切な人を救うため旅立つ的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须被命运指引来到未知之地。最终发现了世界是虚拟的残酷真相的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。