《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段压抑致郁的冒险。被改造的半机械人战士与精通所有武器的战斗大师因从敌人手中夺回了失去的东西相遇,随后被命运的红线牵引与某人相遇。在日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的过程中,他们面临在修炼中领悟了失传的奥义的考验。自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的出现让一切急转直下,被改造的半机械人战士必须被命运指引来到未知之地。最终在一次意外中觉醒了沉睡的力量的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。