《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了人类与精灵共存的幻想世界中一段治愈暖心的冒险。在末日废土中独自求生的少女与千年修行の狐の少年因与宿敌达成了暂时的同盟相遇,随后予言された救世主と誤解される。在发现了世界是虚拟的残酷真相的过程中,他们面临裏切りと信頼の間で選択を下した的考验。被卷入了一场神明之间的赌局的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须在修炼中领悟了失传的奥义。最终被误认为是预言中的救世主的结局,愛する人と愛される人の双方向の救済を明らかにした。