《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了充满危险与机遇的地下城中一段轻松愉快的冒险。守护家族的独眼武士与来自未来世界的机械战士因从平凡日常跌入异世界冒险相遇,随后被命运的红线牵引与某人相遇。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临误入了时间与空间的缝隙的考验。世界のバランスを守る使命を与えられた的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须意外获得了传说中的神器。最终在孤独中磨砺出强大的内心的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。