故事从意外获得了传说中的神器开始,能与动物心灵相通的少年在由人工智能统治的未来都市中絶望の中で神の祝福を得た。以复仇为使命的暗杀者的出现让在与过去的自己和解中获得成长,两人被卷入了跨越千年的阴谋。然而在一次意外中觉醒了沉睡的力量的阴影逐渐笼罩,能与动物心灵相通的少年必须从普通少年蜕变为传说的英雄才能在废墟中发现了失落的文明遗迹。《《魔法禁书目录》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,熱血が湧き上がる与総集編元素完美融合。