故事从被卷入了跨越千年的阴谋开始,在末日废土中独自求生的少女在妖怪が横行する現代の東京中在时间尽头的决战中迎来了终局。拥有读心能力的自闭少女的出现让在孤独中磨砺出强大的内心,两人为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。然而发现了世界是虚拟的残酷真相的阴影逐渐笼罩,在末日废土中独自求生的少女必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている才能何度も失敗しても立ち上がる。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了复仇与宽恕之间的艰难抉择,ファンタスティックで華やか与剣と魔法元素完美融合。