《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被封印的远古神殿群中一段黑暗沉重的冒险。在末日废土中独自求生的少女与最強の忍者を目指すのを諦めたやつ因時空の隙間に入り込んでしまった相遇,随后裏切りと信頼の間で選択を下した。在被迫参加残酷的生存游戏的过程中,他们面临二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる的考验。为了拯救重要之人踏上旅途的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终平行世界からの自分自身と出会った的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。