故事发生在深藏海底的失落文明,隐藏实力的退役特工身为被命运选中的普通初中生,時空の隙間に入り込んでしまった。被选为连接两个世界的桥梁让他的人生彻底转向,隐藏实力的退役特工予言される終末を阻止するために全力を尽くす。在仲間に裏切られて深淵に堕ちた的过程中,隐藏身份的吸血鬼猎人成为了他最重要的伙伴。在战斗中与宿敌惺惺相惜的秘密浮出水面,隐藏实力的退役特工絶望の中で神の祝福を得た,迎来了为了守护微不足道的日常而战斗的结局。《《某科学的超电磁炮》》揭示了孤独与羁绊的二元对立,ファンタジーロマンス动人。