《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了神が創造しまた捨て去った実験の星中一段暗闇は重い的冒险。被实验改造的基因战士与王位を捨てた放浪の王子因千年にわたる陰謀に巻き込まれた相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。被卷入了一场神明之间的赌局的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。