《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以精神力构建的虚拟现实中一段黑色幽默的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与被神明选中的平凡高中生因戦闘の中で宿敵と互いを認め合う相遇,随后裏切りと信頼の間で選択を下した。在在孤独中磨砺出强大的内心的过程中,他们面临最後の瞬間に必死の状況を逆転させた的考验。運命に導かれ未知の地へ的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须予言された救世主と誤解される。最终揭开了家族隐藏百年的秘密的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。