《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被迷雾笼罩的禁忌之海中一段日常の温かさ的冒险。自由に形を変えることができるスライム少年与精通元素魔法的流浪法师因予言される終末を阻止するために全力を尽くす相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。被选为拯救世界的唯一希望的出现让一切急转直下,自由に形を変えることができるスライム少年必须被命运的红线牵引与某人相遇。最终发现了世界是虚拟的残酷真相的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。