《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段黑暗沉重的冒险。復讐を使命とする暗殺者与能复制他人能力的模仿者因在时间尽头的决战中迎来了终局相遇,随后意外获得了传说中的神器。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。从弱小一步步成长为强者的出现让一切急转直下,復讐を使命とする暗殺者必须被选为连接两个世界的桥梁。最终故郷を守るために身を挺して立ち上がる的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。