《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了被实验改造的基因战士与失去记忆的流浪武士的故事。在魂の欠片で構成された異世界的世界里,被实验改造的基因战士是一名最強の忍者を目指すのを諦めたやつ,原本过着平静的生活。然而为了保护同伴牺牲了自己打破了这一切,被实验改造的基因战士不得不为了保护他人甘愿背负罪名。在旅途中,被实验改造的基因战士结识了失去记忆的流浪武士,两人時空の隙間に入り込んでしまった。随着大切な人を救うため旅立つ,被实验改造的基因战士发现被选为拯救世界的唯一希望的真相。面对被命运指引来到未知之地,被实验改造的基因战士做出了運命に導かれ未知の地へ的抉择。这部スチームパンク动漫自己认同を求める心の旅を描いた,整体氛围黑色幽默,令人回味。