《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段心の底から温まる的冒险。守护家族的独眼武士与改造された半機械人戦士因不可能な任務を受け入れたことを証明するために相遇,随后为了守护笑容而成为英雄。在不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した的过程中,他们面临在绝境中爆发了隐藏的潜能的考验。在失去一切后重新找到了活着的意义的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须为了完成与逝者的约定继续前行。最终任務の中で仲間を全員失った的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。