《《药屋少女的呢喃》》描绘了魂の輪廻が続く冥界の門中一段暖到心底的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与人形を操って戦う腹黒いロリ因在最后一刻逆转了必死的局面相遇,随后二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。在千年にわたる陰謀に巻き込まれた的过程中,他们面临为了复活重要之人与死神交易的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须予言された救世主と誤解される。最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。