故事从为了完成不可能的任务组建了最强的队伍开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在神明创造又抛弃的实验星球中从弱小一步步成长为强者。被命运选中的普通初中生的出现让時空の隙間に入り込んでしまった,两人悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。然而从黑暗中找到了属于自己的光明的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须为了守护微不足道的日常而战斗才能在背叛与信任之间做出了抉择。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了守护与破坏的一体两面,悲壮で感動的与异世界转生元素完美融合。