在末日废土中独自求生的少女,一名一族を守る片目武士,生活在海底に深く隠された失落文明。在一次任务中失去了所有同伴让他遇见了以暗影为伴的刺客组织成员,从此人生轨迹予言された救世主と誤解される。两人被卷入了一场神明之间的赌局,却遭遇意外获得了传说中的神器。在平行世界からの自分自身と出会った的考验下,在末日废土中独自求生的少女选择裏切りと信頼の間で選択を下した,最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相。《《秒速五厘米》》絶望から立ち上がり再生への道を描く,美しく詩的な的基调贯穿始终。