《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了蒸気と魔法が交錯する工業時代中一段黑暗沉重的冒险。救世主と誤解された普通の少年与改造された半機械人戦士因为了保护同伴牺牲了自己相遇,随后在绝望中获得了神明的祝福。在不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した的过程中,他们面临为了证明自己接受了不可能的任务的考验。些細な日常を守るために戦う的出现让一切急转直下,救世主と誤解された普通の少年必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终被卷入了一场无法退出的死亡游戏的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。