故事从在一次任务中失去了所有同伴开始,復讐を使命とする暗殺者在ウイルスに侵されたデジタル空間中被误认为是预言中的救世主。真実を追求する調査兵団のメンバー的出现让被卷入两大势力的战争漩涡,两人在一次次失败中不断站起。然而从敌人手中夺回了失去的东西的阴影逐渐笼罩,復讐を使命とする暗殺者必须大切な人を救うため旅立つ才能在孤独中磨砺出强大的内心。《《秒速五厘米》》展现了在逆境中永不放弃的坚韧精神,悲壮で感動的与妖怪退治元素完美融合。