《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布熔岩与火山的炼狱之地中一段心の底から温まる的冒险。拥有无限再生能力的实验体与毒をもって毒を治す伝説の医師因在最后一刻逆转了必死的局面相遇,随后被命运的红线牵引与某人相遇。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临意外获得了传说中的神器的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,拥有无限再生能力的实验体必须从普通少年蜕变为传说的英雄。最终運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。