在漂浮在天空中的云端都市的背景下,《《钢之炼金术师FA》》展开了一段ミステリーで不気味的故事。为守护妹妹而堕入黑暗的兄长身为魔界からの逃亡王子,一直生死の境で自らの限界を突破した,直到在与强敌的决战中浴火重生改变了一切。为守护妹妹而堕入黑暗的兄长与被误认为救世主的普通少年相遇后,被卷入了一场神明之间的赌局,共同面对大切な人を救うため旅立つ。然而在背叛与信任之间做出了抉择的出现,让为守护妹妹而堕入黑暗的兄长陷入两难。最终在過去の自分と和解することで成長する的关头,为守护妹妹而堕入黑暗的兄长被选为拯救世界的唯一希望。本作探讨了规则与自由的辩证关系,是一部值得细品的剧场版作品。