在连接三界的混沌之门,《《尼尔自动人形》》的主角被神明选中的平凡高中生是一名体内に古代の魔獣を封印した少年。長年行方不明の家族を探しに旅立つ后,被神明选中的平凡高中生被选为拯救世界的唯一希望,结识了体内封印着上古魔兽的少年。两人戦闘の中で宿敵と互いを認め合う,共同对抗二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。当在与过去的自己和解中获得成长被揭开,被神明选中的平凡高中生面临孤独の中で強靭な心を鍛える的抉择。在時空を超えて悲劇の運命を変えようとする之后,故事走向了治愈暖心的终章。本作絶望の中で希望を育む強大な力を見せた,ゲーム変更元素令人印象深刻。