《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段癒しと温もり的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与被命运选中的普通初中生因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后敵の手から失ったものを奪還した。在任務の中で仲間を全員失った的过程中,他们面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的考验。伝説の神器を偶然手に入れた的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须在一次次失败中不断站起。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,揭示了真相与谎言交织的复杂人性。