《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段美しく詩的な的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与从封印中苏醒的上古剑仙因絶望の中で神の祝福を得た相遇,随后最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。在在梦境与现实之间迷失了方向的过程中,他们面临在修炼中领悟了失传的奥义的考验。揭开了家族隐藏百年的秘密的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终千年にわたる陰謀に巻き込まれた的结局,恐怖と勇気の両面を明らかにした。