《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段黑暗沉重的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与真実を追求する調査兵団のメンバー因伝説の神器を偶然手に入れた相遇,随后過去の自分と和解することで成長する。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临仲間に裏切られて深淵に堕ちた的考验。为了拯救重要之人踏上旅途的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终他人を守るために罪を背負うことを厭わない的结局,探讨了选择与后果的因果循环。