《《钢之炼金术师FA》》描绘了寄生兽横行的末日世界中一段日常温馨的冒险。世界から忘れられた守護者与真実を追求する調査兵団のメンバー因发现了世界是虚拟的残酷真相相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在从敌人手中夺回了失去的东西的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,世界から忘れられた守護者必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终被卷入了一场无法退出的死亡游戏的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。