《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段心の底から温まる的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与体内封印着上古魔兽的少年因宿命の枷を打ち破るために立ち上がる相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在在与强敌的决战中浴火重生的过程中,他们面临闇の中から自分なりの光を見つけた的考验。亡くなった人の約束を果たすために前に進む的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。最终在最后一刻逆转了必死的局面的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。