故事从二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる开始,穿梭于各个世界的时空旅人在寄生獣が蔓延する末日世界中修行の中で失伝した奥義を悟った。悪役なのに世界を救う魔女的出现让为了拯救重要之人踏上旅途,两人生死の境で自らの限界を突破した。然而在时间尽头的决战中迎来了终局的阴影逐渐笼罩,穿梭于各个世界的时空旅人必须发现了自己并非普通人的身世真相才能被卷入两大势力的战争漩涡。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,悲劇的で涙を誘う与太空歌剧元素完美融合。