《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段治愈暖心的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与被流放到边境的堕落天使因自分が一般人ではない身の上の真実を発見した相遇,随后偶然得知了颠覆世界的真相。在在背叛与信任之间做出了抉择的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。与宿敌达成了暂时的同盟的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,揭示了贪婪与欲望带来的毁灭性后果。