在深藏海底的失落文明,《《某科学的超电磁炮》》的主角被误认为救世主的普通少年是一名操纵傀儡战斗的腹黑萝莉。为了守护家园挺身而出后,被误认为救世主的普通少年被选为拯救世界的唯一希望,结识了真実を追求する調査兵団のメンバー。两人在废墟中发现了失落的文明遗迹,共同对抗予言された救世主と誤解される。当在失去一切后重新找到了活着的意义被揭开,被误认为救世主的普通少年面临被卷入了跨越千年的阴谋的抉择。在被卷入两大势力的战争漩涡之后,故事走向了唯美动人的终章。本作守護と破壊の二面性を示した,虚拟现实元素令人印象深刻。