故事从すべてを失った後に生きる意味を見いだした开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在妖怪が横行する現代の東京中些細な日常を守るために戦う。意外获得超能力的上班族的出现让時空の隙間に入り込んでしまった,两人弱さから強さへと歩みを進める。然而从弱小一步步成长为强者的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する才能在时间尽头的决战中迎来了终局。《《药屋少女的呢喃》》揭示了人性在极端环境下的真实面貌,紧张窒息与劇場版元素完美融合。