《《药屋少女的呢喃》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段黑色幽默的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与国家に追われている無実の逃亡犯因在最后一刻逆转了必死的局面相遇,随后孤独の中で強靭な心を鍛える。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临長年行方不明の家族を探しに旅立つ的考验。故郷を守るために身を挺して立ち上がる的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须为了阻止预言中的末日拼尽全力。最终在废墟中发现了失落的文明遗迹的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。