《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段治愈暖心的冒险。運命に選ばれた平凡な中学一年生与実力を隠した引退した特殊要員因時空の隙間に入り込んでしまった相遇,随后廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在大切な人を蘇らせるために死神と取引する的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。与宿敌达成了暂时的同盟的出现让一切急转直下,運命に選ばれた平凡な中学一年生必须在一次次失败中不断站起。最终在失去一切后重新找到了活着的意义的结局,愛する人と愛される人の双方向の救済を明らかにした。