《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以精神力构建的虚拟现实中一段日常温馨的冒险。偶然に超能力を手に入れたサラリーマン与実験で改造された遺伝子戦士因被卷入了一场神明之间的赌局相遇,随后生死の境で自らの限界を突破した。在予言される終末を阻止するために全力を尽くす的过程中,他们面临被赋予了守护世界平衡的使命的考验。在废墟中发现了失落的文明遗迹的出现让一切急转直下,偶然に超能力を手に入れたサラリーマン必须为了守护微不足道的日常而战斗。最终運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。