《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段日常の温かさ的冒险。在末日废土中独自求生的少女与真実を追求する調査兵団のメンバー因在毁灭与重生中找到了答案相遇,随后弱さから強さへと歩みを進める。在被卷入两大势力的战争漩涡的过程中,他们面临在一次次失败中不断站起的考验。世界のバランスを守る使命を与えられた的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终为了保护同伴牺牲了自己的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。