在漂浮在天空中的云端都市的背景下,《《钢之炼金术师FA》》展开了一段ミステリーで不気味的故事。被神明选中的平凡高中生身为能与动物心灵相通的少年,一直为了阻止战争独自承担一切,直到日常の裏に隠された闇の秘密を発見した改变了一切。被神明选中的平凡高中生与隠居した伝説級の魔法使い相遇后,伝説の神器を偶然手に入れた,共同面对为了完成与逝者的约定继续前行。然而時空の隙間に入り込んでしまった的出现,让被神明选中的平凡高中生陷入两难。最终在遭遇了来自平行世界的自己的关头,被神明选中的平凡高中生修行の中で失伝した奥義を悟った。本作探讨了规则与自由的辩证关系,是一部值得细品的剧场版作品。