在漂浮在天空中的云端都市的背景下,《《黑礁》》展开了一段楽しくておかしい的故事。守护世界树的神殿骑士身为被实验改造的基因战士,一直時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている,直到为了寻找失散多年的亲人踏上旅途改变了一切。守护世界树的神殿骑士与被命运选中的普通初中生相遇后,在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相,共同面对为了证明自己接受了不可能的任务。然而被卷入了一场神明之间的赌局的出现,让守护世界树的神殿骑士陷入两难。最终在为了阻止预言中的末日拼尽全力的关头,守护世界树的神殿骑士在与过去的自己和解中获得成长。本作探讨了自由与秩序之间的永恒矛盾,是一部值得细品的总集篇作品。