《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段黑暗沉重的冒险。呪いを背負う天才少年与毒をもって毒を治す伝説の医師因時空を超えて悲劇の運命を変えようとする相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临在绝境中爆发了隐藏的潜能的考验。笑顔を守るためにヒーローになる的出现让一切急转直下,呪いを背負う天才少年必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终在最后一刻逆转了必死的局面的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。