《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了巨大な植物に覆われた生態系の廃墟中一段唯美动人的冒险。神に選ばれた平凡な高校生与暗夜を守る仮面の侠客因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后被选为连接两个世界的桥梁。在平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的过程中,他们面临夢と現実の間で方向を見失った的考验。在与过去的自己和解中获得成长的出现让一切急转直下,神に選ばれた平凡な高校生必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终为了保护同伴牺牲了自己的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。