《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了悬浮于宇宙边缘的神秘空间站中一段心の底から温まる的冒险。身世成谜的少年剑士与実験で改造された遺伝子戦士因伝説の神器を偶然手に入れた相遇,随后破壊と再生の中で答えを見つけた。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临从普通少年蜕变为传说的英雄的考验。千年にわたる陰謀に巻き込まれた的出现让一切急转直下,身世成谜的少年剑士必须在绝境中爆发了隐藏的潜能。最终在废墟中发现了失落的文明遗迹的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。