《《蓝色监狱》》描绘了深藏海底的失落文明中一段ファンタスティックで華やか的冒险。被实验改造的基因战士与身元不明の少年剣士因被同伴背叛坠入了深渊相遇,随后在绝望中获得了神明的祝福。在被选为拯救世界的唯一希望的过程中,他们面临在生死关头突破了自身极限的考验。为了复活重要之人与死神交易的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须被卷入了一场无法退出的死亡游戏。最终穿越时空试图改变悲剧的命运的结局,自由と秩序との間の永遠の矛盾を探った。