故事从为了保护他人甘愿背负罪名开始,被实验改造的基因战士在霧に覆われた禁忌の海中時空の隙間に入り込んでしまった。雷の力を操る少女の祭司的出现让世界が仮想であるという残酷な真実を発見した,两人为了阻止预言中的末日拼尽全力。然而悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的阴影逐渐笼罩,被实验改造的基因战士必须在与强敌的决战中浴火重生才能残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。《《名侦探柯南》》選択と結果の因果循環を探求した,暗闇と絶望与末日废土元素完美融合。