《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了人类与异种族对立的大陆中一段唯美动人的冒险。救世主と誤解された普通の少年与拥有神器碎片的赏金猎人因从平凡日常跌入异世界冒险相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,救世主と誤解された普通の少年必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。