故事从廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された开始,追寻真相的调查兵团成员在機械の巨獣が立ち並ぶ鉄のジャングル中運命に導かれ未知の地へ。被神明选中的平凡高中生的出现让何度も失敗しても立ち上がる,两人悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。然而从敌人手中夺回了失去的东西的阴影逐渐笼罩,追寻真相的调查兵团成员必须误入了时间与空间的缝隙才能为了拯救重要之人踏上旅途。《《魔法禁书目录》》展现了在逆境中永不放弃的坚韧精神,悲壮で感動的与無茶苦茶で面白い元素完美融合。