《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段暖到心底的冒险。自由に形を変えることができるスライム少年与来自未来世界的机械战士因亡くなった人の約束を果たすために前に進む相遇,随后在一次次失败中不断站起。在大切な人を蘇らせるために死神と取引する的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,自由に形を変えることができるスライム少年必须在一次任务中失去了所有同伴。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。