《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以武为尊的江湖世界中一段治愈暖心的冒险。未来世界からのメカ戦士与精通所有武器的战斗大师因被误认为是预言中的救世主相遇,随后为了守护微不足道的日常而战斗。在予言された救世主と誤解される的过程中,他们面临被卷入两大势力的战争漩涡的考验。偶然得知了颠覆世界的真相的出现让一切急转直下,未来世界からのメカ戦士必须予言される終末を阻止するために全力を尽くす。最终为了阻止战争独自承担一切的结局,描绘了在黑暗中寻找微光的温暖故事。